水草小学校の校章は、本校の略称である”水小”とアワゴケ科の水草であるミズハコベをミックスしたデザインです。この校章には全ての児童に対してミズハコベのようにのびのびと成長してほしいという願いがこめてあります。また色彩についても、もさまざまな小学校の校章を参考にして全体的に校章っぽく見せてあります。